Francisco nació cerca de Pamplona (España) en el castillo de Javier, en el año 1506. Era de familia que había sido rica, pero que a causa de las guerras había venido a menos. Desde muy joven tenía grandes deseos de sobresalir y de triunfar en la vida, y era despierto y de excelentes cualidades para los estudios. Dios lo hará sobresalir pero en santidad.
Fue a estudiar a la Universidad de París, y allá se encontró con San Ignacio de Loyola, el cual se le hizo muy amigo y empezó a repetirle la famosa frase de Jesucristo: “¿De qué le sirve a un hombre ganar el mundo entero , si se pierde a sí mismo?” Este pensamiento lo fue liberando de sus ambiciones mundanas y de sus deseos de orgullo y vanidad, y lo fue encaminando hacia la vida espiritual. Aquí se cumplió a la letra la frase del Libro del Eclesiástico: “Encontrar un buen amigo es como encontrarse un gran tesoro”. La amistad con San Ignacio transformó por completo a Javier.
Francisco fue uno de los siete primeros religiosos con los cuales San Ignacio fundó la Compañía de Jesús o Comunidad de Padres Jesuitas. Ordenado Sacerdote colaboró con San Ignacio y sus compañeros en enseñar catecismo y predicar en Roma y otras ciudades.